酶聯免疫吸附試驗
ELISA具有酶反應靈敏度高、抗原抗體反應特異性強的特點，簡單、快速、成本低，但容易出現背景高的問題，只能檢測目的蛋白抗原性無明顯變化的粗產物。直接法和雙抗體夾心法都需要制備特異性的酶標抗體，且制備方法復雜，壹種酶標抗體只能檢測壹種蛋白，而適用於間接法的酶標抗體已有市售。轉基因蛋白檢測試劑盒能否用於表達相同外源蛋白的不同植物，還需要測試。
橫向流動免疫分析；
“側流”免疫測定法是近15年發展起來的，以前這種方法主要用於醫學領域。與ELISA類似，這種方法基於夾心技術的原理，但它是在固體支持物上而不是在試管上進行的，標記的抗原-抗體復合物橫向遷移，直到它與固定表面上的抗體相遇。目前，市場上已經出現了用於側向流動免疫分析和現場測試的試劑盒。與基於DNA的檢測方法相比，該方法樣品處理簡單。由於目的蛋白壹般是水溶性的，抗體具有高度特異性，檢測樣品只需經過初步處理即可滿足檢測要求，具有快速、簡便、適合現場操作的優點。側向流動免疫檢測試紙條是壹種快速、簡便的定性檢測方法。將試紙放入待測樣品的提取液中，5 ~ 10分鐘即可得出結果，無需特殊儀器和熟練技能。而壹張試紙只能檢測壹種蛋白，只能檢測有無外源蛋白，不能區分具體的轉基因品種。側向流動免疫測定法是定性或半定量的。根據適當的取樣步驟，在給定批次的樣品中可以檢測到小於0.15%的轉基因成分，置信度為99%。
常用聚合酶鏈反應(PCR)的優缺點
優勢:
1)準確率高。
2)高靈敏度
3)價格低廉
缺點:
1)復雜操作需要壹定的專業背景。
2)電泳使用的染料對人體有害。
3)只能檢測壹個指示器。
實時熒光定量PCR(qPCR)的優缺點
優勢
1)高靈敏度。
2)高精度
3)高通數量
4)可以實現實時監控。
5)可以實現定量判斷。
劣勢
1)貴。
2)操作復雜
3)配套產品少。
4)維護成本高
恒溫熒光PCR的檢測方法:
等溫PCR技術的特點可以概括為比PCR更準確、更快速、更容易實現。由於恒溫擴增和特殊引物設計，檢測更準確；沒有變性、退火等環節，全程都是復制DNA片段，沒有時間損耗，使得檢測更快；不需要熱循環，設備簡單，更容易推廣應用。這為PCR技術的推廣應用創造了壹個全新的空間。目前主流的實時恒溫熒光PCR儀器有廣州地奧Bio-Deou—308C恒溫熒光檢測器、3M分子檢測系統、Optigene Genie II和Genie III、Qiagen TuberScaner II、Envirologix DNAble等。