是指在人工控制和壹定的水分、C/N、通風條件下，通過微生物發酵，將廢棄有機物轉化為肥料的過程。
二、有機肥發酵法
1.厭氧發酵:在缺氧或厭氧條件下，主要利用厭氧微生物的堆肥過程。最終產物除腐殖質有機質、二氧化碳和甲烷外，還包括還原性物質如氨、硫化氫和其他有機酸。工藝簡單，不需要通風，但反應速度慢，堆肥周期長。
2.好氧發酵:在人工控制和壹定的C/N比、水分、溫度、通風等條件下，微生物將有機質轉化為穩定的腐殖質的過程。這種堆肥無味無蠅，但有淡淡的土腥味。
三、有機肥發酵工藝
1，靜態條形堆肥:無需翻堆，可保證堆體有效實現高溫和病原體滅活，縮短堆肥周期。
2.動態條形堆肥:通過人工或機械定期翻動堆體來保證堆體的好氧狀態。
3.反應器堆肥:在壹個容器或幾個容器中進行，可以有效控制溫度和濕度，從而監控堆肥的發酵程度。
二、有機肥的常見原料
1，植物來源
(1)稭稈:常見的原生玉米稭稈、小麥稭稈、豆類稭稈、水稻稭稈。含纖維素、木質素等高大分子，氮、磷、鉀等低營養(豆類除外)。這類物質單獨作為有機肥使用的很少，壹般用於增加發酵物料的有機質，調節碳氮比。這類原料豐富，價格低廉，但由於這些原料多掌握在從事農業的散戶手中，很難大面積采購，而且有季節性，需要提前備貨，以備年度生產。
(2)膳食:有豆粕、棉粕、蓖麻粕、胡椒粉、花生粕等。，其中多為農產品加工業的下腳料，多為輔料。用粕做的有機肥可以稱為高端有機肥，因為多是飼料級，原料成本高，發酵成熟度不好控制。
(3)菌糠:俗稱蘑菇渣、金針菇渣、平菇渣、杏鮑菇渣等。原料多為酒糟、玉米芯、稻殼粉、麥麩、豆粕及部分營養元素。菌糠含有豐富的有機質、菌體蛋白、維生素、微量元素和生長素，作為有機肥有很好的培肥效果。
2.動物起源
(1)動物糞便:羊糞、豬糞、牛糞都是很好的有機肥原料。有機質含量高，但纖維含量低，不易分解。使用時要充分分解發酵，在高溫下殺死病卵、細菌和雜草種子。
(2)動物加工廢棄物:加工廢棄物，甚至水產養殖廢棄物也可以作為有機肥的原料。通常采用無汙染的生物降解。