1、制作方法上
1）北京烤鴨用的是叉烤。
2）而南京烤鴨是要用特制的烤爐掛在裏面烤熟的，所以當地人也把南京烤鴨叫做“掛爐烤鴨”。
2、吃法上
1）北京烤鴨在吃的時候，要用春卷皮卷上京蔥等蔬菜，烤鴨片蘸甜面醬壹起吃。
2）而南京烤鴨是直接剁成塊，然後蘸著酸甜的醬汁就飯吃，而且南京烤鴨上面還要淋壹些湯汁的，並且這些湯汁也是很講究的，要用松仁、瓜仁、芝麻以及各種調料調制而成，吃起來香氣四溢。
3、選用的鴨子不同
1）南京燒鴨選的鴨子主要是形體圓碩的湖熟麻鴨，不過分油膩卻滋潤、鮮美。
2）北京烤鴨烹制技術雖然來源於南京，但所選用的鴨子卻是正宗北京原產的。據說，這壹種純白京鴨的飼養，在北京的生長大約於壹千多年的歷史。
擴展資料：
烤鴨起源：
1、明初年間，老百姓愛吃南京板鴨，皇帝也愛吃，據說明太祖朱元璋就“日食烤鴨壹只”。宮廷裏的禦廚們就想方設法研制鴨饌的新吃法來討好皇帝，於是也就研制出了叉燒烤鴨和燜爐烤鴨這兩種。隨著明成祖朱棣遷都北京後，也帶走了不少南京宮廷裏烤鴨的高手。
2、在嘉靖年間，烤鴨就從宮廷傳到了民間，老“便宜坊”烤鴨店就在菜市口米市胡同掛牌開業，這也是北京第壹家烤鴨店。而當時的名稱則叫“金陵片皮鴨”，就在老“便宜坊”的市幌上還特別標有壹行小字：金陵烤鴨。
3、叉燒烤鴨以“全聚德”為代表，而燜爐烤鴨則以“便宜坊”最著名。金陵烤鴨是選用肥大的草鴨為原料，凈重要求在2.5公斤左右。?
4、在1864年，京城名氣最大的“全聚德”烤鴨店也掛牌開業，烤鴨技術又發展到了“掛爐”時代。它是用果木明火烤制並具有特殊的清香味道，不僅使烤鴨香飄萬裏而且還使得“北京烤鴨”取代了“南京烤鴨”，“金陵片皮鴨”則能在港澳、深圳、廣州等南方幾個大城市的菜單上見到。
5、北京鴨是當今世界優質的壹種肉食鴨，即用填餵方法育肥的壹種白鴨，故名“填鴨”。不僅如此，北京鴨曾在百年以前傳至歐美，經繁育壹鳴驚人。因而，作為優質品種的北京鴨，成為世界名貴鴨種來源已久。北京烤鴨采用北京特有的果木炭火烤制，味道獨特。
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