魚缸過濾系統主要目的是保持水質清潔、穩定，以提供魚類生長和繁殖需要的良好生態環境。過濾系統基本上扮演了水體自凈作用的角色，其中最重要的要素包括以下四個方面：
1、有害物質
有害物質包括魚缸中自然生成的壹些廢物，比如：食物殘留、老化的植物、動物體細胞、氨氧化物等等。這些廢物會被過濾系統中的曝氣、生化、機械或其他模塊過濾掉，防止水質汙染、病菌滋生。
曝氣、生化過濾模塊是常見的過濾方式，它們可分解、氧化、去除水中的有機物、無機鹽和氨氮等汙染物。
機械過濾器壹般采用過濾材料，如棉花、矽塵、活性炭等，通過物理攔截的方式過濾掉汙染物。
2、懸浮顆粒
魚缸中的懸浮顆粒通常指的是懸浮在水中的顆粒物，如幹落的葉子、飼料殘渣、魚鱗、泥沙等等。這些顆粒物有可能會引起水中渾濁不清，影響觀賞效果。
過濾系統中的機械過濾器主要是用來過濾這些顆粒物的，通過過濾面積大，阻力小，容易清洗等特點來提高過濾效果。
3、溶解營養物質
魚缸中的溶解營養物質包括壹些微量元素、維生素、碳酸和鈉等元素。這些溶解物質雖然對魚的成長、生命力等方面很有利，但也容易滋生細菌和藻類，導致水的富營養化。
過濾系統中會通過曝氣、生化過濾來進行溶解物質的過濾處理，以確保水質的平衡和穩定好處是保持好的微量元素，同時，也不需要另外投放化學調節水質用品。
4、余氯和氯對水質的影響
水龍頭中常常含有氯或氯氣，這兩種物質會對水質造成壹定的不良影響。除了用置換法讓水龍頭中的氯氣散發之外，過濾系統也可以幫助我們去除水中的余氯和氯氣。
過濾系統中，最常用的方式是利用活性炭過濾器，活性炭有壹定的吸附能力，能夠去除余氯、余藥和壹些異味。