種植方式不當，種植方式不同，關系到人工栽培的成敗。據調查，大面積種植有四種方式:直播、條播、點播、苗木移栽。2006年2-3月在廣西鹿寨縣直播200 ha種子，發芽率不到5%，成苗率不到1%。用甘蔗灰拌種，直接播種60公頃，發芽率50%左右，成苗率不到2%。2006年2 ~ 4月，在廣西都安、大化、靖西縣進行種子直接條播600 ha，發芽率40%左右，成苗率不到15%。所以，在人工栽培中，種子不能直接在田間播種，除非環境條件(溫度和濕度)適合種子萌發和生長，否則就會失敗。
種苗混亂近年來，由於青蒿原料價格上漲，很多人盲目種植，隨意采集野生種子進行栽培，導致品種混雜，原料青蒿素含量不足0.6%，造成經濟損失。
廣西播種時間太晚，收獲時間太早。黃花蒿雖然從收獲到5月中旬都可以播種，但最佳播種時間是2月中旬到3月中旬。有的種植戶到4月份才播種，由於黃花蒿生長期短，直接影響產量和質量。另壹方面，由於青蒿原料的短缺，很多中間商在7月份就開始收購青蒿原料。青蒿中青蒿素含量低，降低了青蒿素的產能，增加了生產成本，直接影響了青蒿素加工業的發展。
忽視水肥管理，黃花蒿廣泛分布於亞洲的溫帶、寒溫帶、亞熱帶。分布於海拔300米以下的石質山地、坡地、丘陵、平地、路旁及紅壤、紅黃壤、石灰土，能正常生長發育。很多人認為黃花蒿到處都可以生長，適應性強，根本不需要肥水管理。由於缺少肥水管理，黃花蒿長勢很差，產量很低。
連作栽培病蟲害嚴重，黃花蒿病蟲害較少，但連作可使病蟲害問題逐漸加重。壹般在新地1年種植黃花蒿，很少發生病蟲害；但連作後會出現根腐病和莖腐病、地老虎、蚜蟲、小菜蛾、腳蟎等病蟲害，病損率為3% ~ 5%。蚜蟲、小菜蛾、徒步昆蟲的危害率為10% ~ 30%。