水解蛋白質肽鍵的壹類酶。根據水解肽的方式，可分為內肽酶和外肽酶。內肽酶切斷蛋白質分子內部，形成分子量較小的月亮和蛋白腖。外肽酶從蛋白質分子的遊離氨基或羧基端逐個水解肽鍵，解離氨基酸，前者為氨肽酶，後者為羧肽酶。根據其活性中心和最適pH值，蛋白酶可分為絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、金屬蛋白酶和酸性蛋白酶。根據反應的最適pH值，可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶和堿性蛋白酶。工業生產中使用的蛋白酶主要是內肽酶。
蛋白酶廣泛存在於動物內臟、植物莖葉、果實和微生物中。微生物蛋白酶主要由黴菌和細菌產生，其次是酵母菌和放線菌。
催化蛋白質水解的酶。有很多種，包括胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶。蛋白酶對反應底物有嚴格的選擇性，壹種蛋白酶只能作用於蛋白質分子中的某些肽鍵，如胰蛋白酶催化堿性氨基酸水解形成的肽鍵。蛋白酶分布廣泛，主要存在於人和動物的消化道，在植物和微生物中含量豐富。由於動植物資源有限，蛋白酶制劑主要由枯草芽孢桿菌和土曲黴等微生物發酵生產。
蛋白酶已廣泛應用於皮革、毛皮、絲綢、醫藥、食品、釀造等領域。蛋白酶已廣泛應用於皮革工業的脫毛和軟化，不僅節省了時間，而且改善了勞動衛生條件。蛋白酶也可用於蠶絲脫膠、肉類嫩化和澄清酒。臨床上可入藥，如用胃蛋白酶治療消化不良，用酸性蛋白酶治療支氣管炎，用恐懼蛋白酶治療脈管炎，用胰蛋白酶和糜蛋白酶凈化外科化膿性傷口，治療胸腔間漿膜粘連。酵素洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含有堿性蛋白酶，能去除衣服上的血漬和蛋白質汙垢，但使用時註意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、濕疹等過敏現象。