自從明成組於十五世紀初由南京遷都北京後，北京地區的養鴨事業逐漸發達了起來。當時，明朝皇帝為了調運江南糧米供宮廷揮霍，曾動員大量民工疏通運河。運河暢通後，運糧的漕船往往千艘接連而行，史稱“歲漕四百萬石”。督管漕運的官吏仗此大發了橫財。由於漕運管理不善，落入河內的糧米不計其數。北京運河壹帶的鴨子，長期以這些散落的糧米為食，體型、肉質逐漸起了變化。正像乾隆年間的才子袁枚所說：“谷味之鴨，，其膘肥而白色。”以後，經過北京地區勞動人民的長期精心餵養，不斷發展優種，淘汰劣種，並在我國南北朝時即有記載的養鴨“填嗉”法的影響下，獨創了人工“填鴨”法，終於培育出了毛色潔白，雍容豐滿，肉質肥嫩，體大皮薄的新品種——北京鴨（亦稱北京填鴨）。用北京填鴨烤出的鴨子，其鮮美程度遠遠超過以往的各種烤鴨，被稱為“北京烤鴨”。
關於北京鴨的由來，曾有過種種不同的說法。壹種說法是，當時來往於運河的船工從南方帶來壹種白色“湖鴨”，經過風土馴化，在運河壹帶繁殖起來，成為今天北京鴨的祖先。另壹種說法是，北京鴨起源於明代，是北京東郊潮白河所產的“小白眼鴨”，老鴨工稱之為“白河蒲鴨”。至今還有把北京鴨稱之為“白河鴨”或“蒲鴨”的。第三種說法則認為，北京鴨起源於遼代。遼國帝王常在北京地區遊獵，捕獲的鵝鴨專門派人管理。在遊獵中，偶然捕獲到純白色的鴨子，便以為是吉祥之物，放養於園林湖澤間。以後盡管朝代不斷更替，但純白種的鴨子卻在這壹地區生存繁殖了起來。
從北京鴨的生態特征來看，說北京鴨的祖先是被人從南方帶來的，似乎不能令人信服。北京鴨全身羽毛潔白無暇，體軀長而寬，頭部甚大，額鸛高聳，眼大而明亮，呈深灰藍色，嘴殼短而寬厚，呈橙黃色，無黑色斑點，胸部豐滿突起，腹部深廣下垂但不擦地，腿粗而短，趾璞亦呈桔黃色。整個外觀，碩大美麗，可供觀賞。性喜冷怕熱，冬天也能在有冰的河水裏遊耍。而且，北京鴨在戲水的同時，又特別喜歡棲息地的清潔幹燥。正像壹些老鴨工說的：北京鴨喜歡“見濕見幹”。從這些特征來看，北京鴨實在是壹種不與任何其他品種鴨子相似的獨立的壹支，並且沒有絲毫雜交的跡象。俗話說“鳳擇梧桐而棲”，鴨也自會尋找適應自身生長發育的地方棲息。北京地區氣候幹燥，年降雨量少而集中，冬季比較寒冷而又持續時間長。這樣的氣候特點，加之北京地區有山有水的地理條件，均適宜於北京鴨的繁殖和發育。因此，應當說北京鴨是由古代生長在我國北方的壹種原種白鴨，經過幾百年的馴化、飼養，又有運河之谷格外優越的飼料條件，以及鴨農精心地選種培育而逐漸形成的——這是順理成章的結論。