在此期間，微生物分泌各種酶，促進豆腐中的蛋白質分解成營養價值高的氨基酸和壹些風味物質。有些氨基酸本身就有某種風味。在發酵過程中，豆腐中的澱粉也轉化為酒精和有機酸。同時，輔料中的酒和香料也參與其中，共同產生具有香味的酯類和其他風味成分，從而形成豆腐的獨特風味。
腐乳在制作過程中發酵，蛋白酶和附著在皮上的細菌慢慢滲透到豆腐坯內部，蛋白質逐漸分解。大約三個月到半年後，酥脆細膩的豆腐腦就做好了，口感變得細膩、鮮美、適口。
湯變黑的原因:說明已經感染了黴變，只能丟棄。正常發酵是白色和淡黃色。
綠色腐乳的歷史
方清腐乳(方清)是臭豆腐牛奶，這是壹種真正的“又臭又好吃”的食物，有些人喜歡它。以百年老店王致和為代表，發明人是安徽人王致和。還有壹個故事:王的父親在家鄉開了壹家豆腐店，小時候就學會了做豆腐。著名的孫山在北京租了幾間房子，每天磨幾升豆豆腐，沿街叫賣。
現在是夏天，有時候吃剩的豆腐很快就會發黴不能吃。他把豆腐切成小塊，稍微晾幹，找了個小壇子，用鹽腌起來。之後我就關了生意，專心學習準備復試，漸漸就把這事忘了。
秋天，當王致和打開氣缸蓋時，壹股惡臭撲鼻而來。當我拿出來的時候，我發現豆腐是藍灰色的。我用嘴試了壹下，感覺裏面含有濃郁的香氣。雖然它不是壹種美味的食物，但也很有趣。我把它給鄰居嘗了嘗，贊不絕口。流傳了300多年。臭豆腐曾作為皇家菜肴被送進宮廷，受到慈禧太後的喜愛，慈禧太後給它取名為“方玉青”。