巧克力囊腫是可以復發的，而且復發的概率比較大，具體原因有兩點∶壹是因為巧克力囊腫的發病部位比較廣泛，可以在卵巢內，子宮內，或者是子宮頸口等部位。二是因為雖然巧克力囊腫被治療，但是導致巧克力囊腫的病因沒有解決，因此容易復發。巧克力囊腫容易復發的，巧克力囊腫可能是由於月經期的時候子宮內膜脫落沒有及時排出體外形成囊腫；也可能和平時多次的流產、刮宮引起巧克力囊腫，所以要做好巧克力囊腫術後保養工作。因此我們卵巢巧克力囊腫做完手術只是我們治療的壹部分，很多病人在手術以後還需要進輔助的藥物治療，輔助藥物治療的主要目的，就是盡量的控制那些不能夠被手術清除的微小的病竈，最大程度的降低預防或者延緩我們手術以後復發的時機，或者降低我們的復發率。
因此，卵巢巧克力囊腫在手術後還是有很高的復發率，但是如果我們能夠做到術後正規的足量的藥物輔助治療，正規的足量的藥物輔助治療，同時定期的復查，我們也可以降低復發率，或者說我們也可以達到壹個延緩復發的時間這樣壹個效果。