蜂巢蜜是經蜜蜂釀制成熟並封上蠟蓋的蜜脾，有蜂巢和蜂蜜兩部分組成的壹種成熟蜜，優質成熟蜂巢蜜有很強的抗菌能力，但壹般開封後要放入冰箱低溫保存，放入冰箱中後更加抑制了細菌的生長，如果保存良好的情況下，保存時間比較長，如果不經常吃，可以密封放入冷藏室中，可以很久不變質。
因此正確的保存方法對於蜂巢蜜的保存來說非常重要，蜂巢蜜需要放在幹燥、避光的地方密封保存。田野牧蜂提醒大家，即使放在冰箱中也要註意，蜂巢蜜具有吸水性，會吸收空氣中的水分，水分過多不利於蜂巢蜜的保存，所以壹定要密封保存，而且蜂巢蜜弱酸性，盛裝蜂巢蜜的工具壹定不要用金屬制品，會汙染蜂巢蜜，不要與帶有揮發性味道的食物放在壹起，蜂巢蜜具有吸異味的特性，會影響蜂巢蜜的口感。
蜂巢在冰箱中的保存時間與這些因素都息息相關，壹般陰涼環境中能保存數月是沒問題的，不過即使蜂巢蜜保存時間較長，不過還是要盡快食用，蜂巢蜜含有的活性物質會隨著時間慢慢流失，新鮮的蜂巢蜜口感更好，營養價值也更高。