主要區別有，性質不同、物質成分不同、用途不同，具體如下：
壹、性質不同
1、蒸餾水
蒸餾水是指經過蒸餾、冷凝操作的水。
2、礦泉水
礦泉水是從地下深處自然湧出的或者是經人工揭露的、未受汙染的地下礦水。
二、物質成分不同
1、蒸餾水
蒸餾水的制作是把源水煮沸後令其蒸發冷凝回收，用於制作蒸餾水的源水中的其它遇熱蒸發物質，也就隨著蒸餾水的生成而冷凝到蒸餾水中。如對健康有害的酚類、苯化合物，甚至可蒸發的汞等。要想得到純凈水或超純水，必須經過二次、三次的蒸餾還得增加其它純凈手段。如果常飲蒸餾水就等於放棄了從水中獲得人體所需的微量元素的5%的來源。
2、礦泉水
含有鋰、鍶，鋅、碘化物等，多種人體必需的微量元素和礦物質。
三、用途不同
1、蒸餾水
①、在生活中，壹般和機器、電器相關的時候，蒸餾水的作用主要是它不導電，保證機器運行穩定，延長電器使用壽命。
②、在醫藥行業? ，蒸餾水的作用是因為低滲作，用蒸餾水沖洗手術傷口。
③、學校裏的化學實驗，有些需要用蒸餾水，利用的就是蒸餾水無電解質，沒有遊離離子，或是沒有雜質。
2、礦泉水
主要用途是飲用水。
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