1、科屬不同。三文魚是動物界、脊索動物門、脊椎動物亞門、輻鰭魚綱、鮭形目、鮭科、鮭屬與鱒屬溯河洄遊性魚類。大馬哈魚則是硬骨魚綱、輻鰭亞綱、鮭形目、鮭科、太平洋鮭屬冷水性溯河產卵洄遊魚類。可見三文魚與大馬哈魚同屬鮭科，只是三文魚是鱒屬，而大馬哈魚是大馬哈屬，我們吃的生魚片壹般是鮭形目鮭科鮭屬的大西洋鮭，產卵後不會死掉，可多次交配繁殖；大馬哈魚是壹個鮭科的壹個屬，又稱太平洋鮭，有很多種，不同於大西洋鮭的是，大馬哈魚在河川產卵後就會死掉。
2、分布不同。三文魚主要分布在亞洲、歐洲和美洲的北部地區以及太平洋北部，主要種類有挪威三文魚、美國三文魚等。大馬哈魚主要分布在太平洋北部和北冰洋中，主要種類有銀大馬哈魚、駝背大馬哈魚、孟蘇大馬哈魚等。
3、形態不同。三文魚的齒尖銳，鱗片細小，呈銀灰色，體型側扁，背部隆起，肉色為粉紅色並具有彈性，肉質緊密鮮美，刺還少，極為可口。大馬哈魚的頭側扁，吻端突出微彎，口裂大，形似鳥喙，壹般體長60厘米左右，略似紡錘形，背鰭起點是身體最高點，鱗片細小，作覆瓦狀排列，尾鰭呈深叉形。