泡沫箱種菜是沒有什麽毒性的。
但是泡沫這種材質長時間在外面日曬，加上種植土中的壹些養分、種菜施肥添加的化學成分，長時間使用很可能會揮發不良的有害物質，有沒有毒性還是不確定因素，建議不要長期使用。
冬天的時候，比如北方，要少澆水防止溫度太低會結冰凍裂泡沫箱，夏季炎熱的時候，比如南方，不要把泡沫箱放在大太陽底下暴曬，要註意適當的給蔬菜遮遮陽，每天早晚的話要註意澆水降溫，避免長時間的日曬。
如果泡沫箱不是正規廠家生產，質量達不到國家標準，就會出現另壹種可能。劣質的泡沫箱在生產的過程中，原材料會夾雜其他的有機化合物甚至重金屬。這種泡沫箱經過暴曬，不但容易老化，其中的有機化合物還會滲透出來進入土壤，影響身體健康。
蔬菜泡沫箱硬度很低，打消水孔的時候，容易把握不好度，打了太大的洞，則以後給蔬菜澆水的時候，很容易導致泥土和水大量滲漏出來，弄臟陽臺或是天臺。對於這種情況，則可以在消水孔處墊壹塊濾布再填土。買不到濾布，也可以用破舊的衣服撕壹塊布來代替。
不過出於謹慎考慮，建議在種菜時最好不要使用廢棄的舊泡沫箱種菜。如果泡沫箱以前裝過化工用品，箱體本身沾染了有害成分，用這種泡沫箱種菜，是會影響到健康的。