1、神經過敏:長期攝入咖啡中的咖啡因，會使中樞神經系統長期處於興奮狀態，容易導致失眠、手心出汗、心悸、耳鳴、煩躁，導致神經過度敏感。還有可能是心臟受損，比如心律不齊；
2、骨質疏松:咖啡因有利尿作用，可增加排尿次數。長期攝入咖啡因會造成鈣的大量流失，可能會引起骨質疏松，尤其是老年人。如果是在生長期，不利於骨骼生長；
3.血壓升高:咖啡中的咖啡因可刺激血管收縮，增加心率和心輸出量，攝入後短期內可導致血壓升高，頭暈耳鳴，長期可能導致高血壓。如果本身有高血壓，血壓會控制不好；
4、腸胃不適:咖啡中含有咖啡因、酸性物質，長期、大量飲用可能會刺激胃黏膜，導致胃中消化液分泌過多，出現胃痛、胃脹、反酸、腹瀉等癥狀。因此，長期大量飲用咖啡，可能會導致胃炎、胃潰瘍等胃腸道疾病；
5、牙齒發黑:咖啡中含有鞣酸，鞣酸是壹種深棕色物質，長期沈澱或附著在牙齒上，可能滲入牙釉質，導致牙齒發黑；
6.其他危害:如升高膽固醇，誘發女性月經不調。
雖然咖啡有壹定的提神作用，但健康人需要適量飲用，喝後及時清潔口腔。