1，心
咖啡因通過兩種方式作用於心臟:不僅影響調節心血管系統的大腦中樞，還直接影響心臟。大劑量咖啡因可使對咖啡因不耐受者的心率增加10~20次/分，並可能使部分人出現短暫性心律失常。因此，適量飲用含咖啡因的飲料(平均每天最多500毫克)不會大大增加患心臟病的風險，但超過這個劑量可能會增加心肌梗塞的風險。
2.腎臟
很多人早上喝完咖啡愛上馬桶是常有的事。這是因為咖啡因會影響腎臟中的腺苷受體，起到利尿劑的作用。咖啡因還可能會減緩大腦釋放壹種抗利尿激素，這種激素會減少尿液的產生。
3.消化系統
咖啡中的酸度、油脂、咖啡因可能會刺激胃黏膜，促進胃酸分泌。長期喝含咖啡因的飲料會導致胃病。
4.呼吸系統
咖啡因和類似的藥物對呼吸有兩種影響。壹是增加呼吸頻率。此外，咖啡因可以放松氣管周圍的平滑肌，從而擴張氣管，增加呼吸能力。但咖啡因在臨床上不能作為治療哮喘的藥物。
5.生殖系統
研究指出，懷孕期間喝咖啡的女性生出的嬰兒出生體重較低。研究還表明，攝入咖啡因(相當於每天喝壹杯以上的咖啡)可能會顯著降低女性懷孕的幾率。
6.眼睛
咖啡因會使眼睛的微血管收縮(變窄)，從而減少進入眼睛細胞的營養物質，也降低了眼睛清除廢物的速度。