用電飯鍋煮飯的量杯量取約兩杯幹黃豆，約200g，用清水洗凈。(對於110g大豆對於1L酸奶機，200g幹大豆對於1.5L\酸奶機)用清水浸泡大豆約12小時。
第二步:烹飪
將泡好的黃豆放入高壓鍋中，加入5%的糖和1%的味精，倒入適量的水，大火蒸5分鐘，小火煮35-40分鐘，關火。記住壹定是蒸豆。豆子煮到壹定程度，輕輕壹捏就會收縮，但豆子還是完整的。
第三步:接種
打開壹粒納豆菌膠囊，將半粒膠囊(納豆引物)溶於30毫升水中。將豆子冷卻至35℃左右，將兩毫升納豆菌液倒入豆子中，攪拌均勻。盡量攪拌，然後倒入制作納豆的籃子裏，蓋上濕紗布，放入酸奶機，蓋上外罩(不要蓋內膽)。如果北方冬天氣溫低，可以在酸奶機的內膽和外膽之間放入適量的溫水，增加溫度。
第四步:發酵
插上酸奶機電源，開始發酵。發酵時間16-24h，個人決定。發酵結束的依據是用筷子攪拌納豆可以拉出很多絲。
第五步:儲存和後熟
做好納豆後，如果壹次吃不完，可以放冰箱冷凍保存。壹般保存時間不應超過10天。再吃的時候，從冰箱裏取出納豆到室溫，會進行二次發酵，增加納豆的發酵度。這個過程也被稱為後熟。註意，所有接觸到豆子的容器和器皿都要提前用開水消毒！