斑點海馬的長度壹般為10- 17cm。身體側面扁平，頭部像馬頭，腹部明顯突出。軀幹七邊形，尾部四邊形，尾長漸細，卷曲至腹部，用於包裹海藻等棲息。吻細長，管狀，小口，位於靠近後腦勺的位置。頭部與驅動部分成直角。海馬體沒有鱗片，完全被骨環覆蓋。
魚壹般都是褐色的，但隨著棲息地環境的變化，體色可以相應變化，並趨於與環境壹致。體環1、4、7的背面有壹個黑色的圓形斑點，所以稱為三斑海馬，這是區分這個物種的主要特征。雄魚尾腹面有1個特殊的囊狀器官。
海馬是補陽的中藥。不能吃影響陽的藥物和食物。
服用補陽藥物時，不能用清熱瀉火的藥物和食物，如黃連、牛黃解毒片、苦瓜、西瓜等。
每年的5-8月是海馬的繁殖期。在此期間，海馬媽媽在海馬爸爸的腹囊中產卵。50-60天後，幼魚會從海馬爸爸的育兒袋中釋放出來，所以說是海馬爸爸負責育兒，而不是爸爸實際生孩子。爸爸的育兒袋只起到孵化器的作用，卵子還是來自媽媽。