DNA片段的瓊脂糖凝膠電泳原理與蛋白質基本相同。DNA分子在高於其等電點的pH溶液中帶負電荷，並在電場中移動到正極。DNA分子在電場中遊過介質。凝膠介質除了電荷效應外，還有分子篩效應，這與分子大小和概念有關。
對於線性DNA分子，在電場中的遷移率與其分子量的對數值成反比。核酸分子是兩性解離分子，pH3.5是堿基上的氨基解離，三個磷酸基團中只有壹個解離，所以分子帶正電，在電場中向負極遊去。但在pH8.0-8.3時，堿基幾乎不可分，而磷酸基團遊離，所以核酸分子帶負電，在電場中向正極遊去。
瓊脂糖和電泳的介紹；
瓊脂糖是壹種線性聚合物，其基本結構是1，3-連接的β-D-半乳糖和1，4-連接的3，6-內醚-L-半乳糖的長鏈。瓊脂果膠是許多小分子的異質混合物。
瓊脂糖壹般加熱到90℃以上溶於水，當溫度降至35-40℃時，形成良好的半固體凝膠，這是其各種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠的性能通常用凝膠強度來表示。強度越高，凝膠性能越好。電泳是指帶電粒子在電場作用下向對面電極移動的現象。利用電場中不同的運動速度來分離帶電粒子的技術稱為電泳技術。