利馬豆起源於中南美洲。通常認為小粒利馬豆起源於墨西哥的太平洋丘陵地區，而大粒利馬豆起源於秘魯，這兩種類型後來擴散到整個熱帶美洲。據考古資料，在秘魯的洞穴中發現了距今7000～8000年的利馬豆種子。利馬豆野生種雖然最早發現於中美洲的墨西哥，但其分布可延伸到加勒比海島嶼及安第斯山東部的南美地區。最近，在秘魯北部、赤道南部的高海拔安第斯山西部陡坡地域，發現了利馬豆另壹個野生群體，其主要特征可能是大粒利馬豆的祖先，其植物凝集素蛋白特征也比較類似。
利馬豆栽培種下的亞種分類還沒有形成完全壹致的結論，林奈認為應分為大粒利馬豆（P.inamoenus）和小粒利馬豆（P.lunatus），但也有人認為這兩個亞種主要區別是籽粒的大小，應該歸並為壹個種，即P.lunatus L.。Van Eseltine（1931）根據利馬豆形態差異，劃分為5個變型，即扁平利馬豆（Forma macrocarpus）、柳葉雪豆（forma salcis）、叢生雪豆（forma lunonanus）、叢生大粒利馬豆（forma limenanus）、馬鈴薯型利馬豆（forma solanoides）。
利馬豆何時傳入中國不詳，但在《廣東新語》（17世紀後期屈大均撰）、《撫群農產考略》（1903年何剛德撰）都有關於利馬豆栽培的記載，說明至少有200～300年的栽培歷史。