常用的治療藥物有:
1、解痙鎮痛藥:雙氯芬酸鈉、吲哚美辛、哌替啶、曲馬多、阿托品、山莨菪堿等。都是常用的，有助於解除輸尿管痙攣，減輕結石帶來的疼痛和不適，有些藥物還能促進結石排出。
2、含鈣結石的治療:氫氯噻嗪往往是治療高鈣尿癥的首選藥物，可減少尿鈣的排泄。此外，限制鈉鹽和動物蛋白的攝入也可以抑制鈣的重吸收，減少結石的形成。
3.尿酸結石的治療:這類結石常采用枸櫞酸鉀鈉、碳酸氫鈉堿化尿液，再口服別嘌呤醇，調整飲食的方法治療，效果良好。飲食調整包括避免高蛋白高脂肪飲食，減少或不飲酒，多喝水，少吃海鮮等富含嘌呤的食物。
4.胱氨酸結石的治療:常用青黴胺，可與胱氨酸結合，增加溶解度。但是，可能會出現過敏、發熱、藥疹、腎病綜合征和血細胞減少等副作用。另外，多喝水，堿化尿液也能增加胱氨酸的溶解度。
5、草酸鈣結石治療:目前尚無特效治療藥物，但服用大劑量維生素B6可減少草酸鹽的排泄。另外，多喝水，補充磷酸鹽或氧化鎂制劑，有助於防止結石的形成。
6.中藥/中成藥:必要時可酌情使用腎石通顆粒、排石顆粒等藥物進行治療。
7.其他:如發生感染，可酌情使用抗生素等藥物進行治療，如阿莫西林、左氧氟沙星等。