壹、藥性的區別
黃芪屬於補氣養元的藥材，性微溫，味甘，歸脾肺經，具有益衛固表止汗，利尿脫瘡生肌的功效。
黃芩屬於清熱敗火的藥材，性味苦寒，入心，肺，膽，脾大腸經，具有瀉火解毒，清熱燥濕，止血安胎功效。
二、組成成分的區別
黃芪主要含有苷類，多糖，黃酮，氨基酸，微量元素，香豆素，微量葉酸，甜菜堿，單間，二甲基二氫異黃酮等。
黃芩主要含黃芩素，黃芩甙，漢黃芩素，漢黃芩甙，β－谷甾醇，黃芩新素，苯甲酸等成分，莖葉中含黃芩素甙。
三、功效作用的區別
1．黃芪的功效作用
黃芪味甘、性溫，是壹種補氣的藥物，黃芪主要是補脾、補胃、補肺氣，黃芪有提高人體免疫力的作用，是補充人體內的氣血、除去膿瘡炎癥的良藥。黃芪對於氣虛、幹活沒有力氣、出虛汗等有此癥狀的人有很好的治療效果，黃芪既可以降低血壓，也可以用於血壓低患者的治療。黃芪對於血壓低的患者用藥量要大，血壓高時用藥量要小。
2．黃芩的功效作用
黃芩清熱燥濕，瀉火解毒，作用偏於上焦及大腸，善清肺與大腸之火，有還有較強的止血作用；又善治溫病熱入氣營血分證，肺熱咳喘，濕溫，暑濕，濕熱中阻，濕熱淋痛及痔瘺便血；還能安胎，治胎熱，胎動不安。