納豆源於中國。納豆類似中國的發酵豆、怪味豆。古書(和漢三才圖會)記載有：“納豆自中國秦漢以來開始制作。”納豆初始於中國的豆豉。據《食品文化·新鮮市場》(石毛直道著，第101頁)壹書介紹，兩種納豆都與中國有緣。特別是鹹納豆，大約在奈良、平安時代由禪僧傳入日本。日本也曾稱納豆為“豉”，平城京出土的木簡中也有“豉”宇。與現代中國人食用的豆豉相同。由於豆豉在僧家寺院的納所制造後放入甕或桶中貯藏，所以日本人稱其為“唐納豆”或“鹹納豆”，日本將其作為營養食品和調味品，中國人把豆豉用鍋炒後或蒸後作為調味料。
納豆傳入日本後，根據日本的風土發展了納豆，如日本不用豆豉而用大醬，或用醬油不用豉汁。而且由於系禪僧從中國傳播到日本寺廟，所以納豆首先在寺廟得到發展。例如大龍寺納豆、大德寺納豆、壹休納豆、大福寺的濱名納豆、悟真寺的八橋納豆等，均成為地方上寺廟的有名特產。
日本人喜歡食用納豆。他們主要食用鹹納豆與拉絲納豆，關西人喜歡前者，關東人則愛吃後者。拉絲納豆由於發酵方法不同，而出現壹種黏絲，是不放鹽的。