按照農業部的規定，允許使用的微生物有16種，其中乳酸菌占11種，約占68%。其實乳酸菌是改善動物腸道的主要菌和主力，而且用量越多越好。但是，過度使用芽孢桿菌和酵母有副作用，如腹瀉。只有乳酸菌才是原來的細菌，只有乳酸菌才能在腸粘膜定植。只有乳酸菌才能定殖並形成乳酸菌屏障抵抗腸道黏膜系統的抗原入侵，只有乳酸菌產生的乳酸才能酸化腸道，只有乳酸菌才能在厭氧環境中占據優勢地位，發揮平衡腸道微生態的主要作用。其他如酵母、芽孢桿菌等多為指示菌和輔助菌。但是真正市場上的乳酸菌很少，能常溫保存的乳酸菌很少，能經得起制粒的乳酸菌成型品更是少之又少。作為主菌，它們在飼料用微生物添加劑中長期缺失，是壹種悲哀。
常規乳酸菌在壹年的儲存期內往往會損失80%以上，而乳酸菌基本上完全喪失，顆粒化也完全喪失。所以進口乳酸菌的說明書都要求平時放在冰箱裏保存，才拿出來使用。