應根據不同病因選擇用藥。
藥物
1.感染性腹瀉首選黃連素。復方磺胺甲惡唑、諾氟沙星、環丙沙星、氧氟沙星對細菌性痢疾、沙門氏菌或中毒性大腸桿菌、螺桿菌感染有效，甲硝唑對溶組織阿米巴、梨形旋毛蟲感染有效，病毒可選用阿昔洛韋等抗病毒藥物。
2.消化性腹瀉可用胰酶和胃蛋白酶治療，有腹脹者可用乳糖酶或二甲矽油。
3.過敏性腹瀉應通過飲食控制，口服乳糖酶或微生態制劑，處方硝苯地平，化學刺激引起的可用蒙脫石散。
4.腸道菌群失調腹瀉可以補充雙歧三聯活菌膠囊等微生態制劑。
5.急性和慢性功能性腹瀉的首選是洛哌丁胺或地芬諾酯。
6.以腹瀉為主要癥狀的腸易激綜合征患者可使用匹維溴銨，阿洛司瓊可明顯減輕直腸擴張或損傷，對女性更好。
需要註意的事項
1.在使用止瀉藥的同時，要實施病因治療。
2.病毒性腹瀉、旅行者腹瀉、秋季食物中毒引起的腹瀉不需要抗生素。
3.口服補液鹽也要特別註意補鉀。
4.藥用炭會影響孩子的營養吸收。
建議
飲食應以保證營養又不加重胃腸病變損害為原則。壹般宜選擇清淡流質飲食，如濃米湯、清淡果汁、面湯等，而不是禁食。拉肚子的時候要盡量減少吃蔬菜。
警告
嬰幼兒身體虛弱，正處於生長發育期，所以腹瀉對嬰幼兒的危害很大，要註意並發癥。