(1)最主要的細菌生物汙染是病原性細菌汙染。水產品，無論是淡水還是海水，都容易受到副溶血弧菌、霍亂弧菌、創傷弧菌、沙門氏菌、單核細胞增生李斯特氏菌、大腸桿菌和金黃色葡萄球菌等細菌或其他致病菌的感染。其中以致病性弧菌為主，尤其是副溶血弧菌。從歷史資料總結來看，細菌汙染是覆蓋面最廣、影響最大、問題最多的壹種汙染，而且這種現象在未來還會持續。
(2)病毒只感染特定動物的特定細胞。所以食品安全只需要考慮對人類有致病作用的病毒。如果病毒不在食物中生長繁殖，就不會產生腐敗。病毒可以在被汙染的水、冷凍食品和人體腸道中存在數月以上。少量的病毒就能讓人生病。引起人類疾病的食品相關病毒主要有甲型肝炎病毒、胃腸炎(諾沃克)病毒、瘋牛病病毒和口蹄疫病毒。這些病毒主要來自患者、患病動物或攜帶者的腸道，手接觸後汙染水體或汙染水產品。
(3)寄生蟲性水產品寄生蟲感染主要發生在喜歡吃生的或吃了壹半的水產品的特定人群中。蝦是寄生蟲的宿主，可以感染對人體有害的寄生蟲。目前，我國水產品中存在危害人體健康的線蟲、吸蟲和絳蟲。其中以吸蟲中的華支睪吸蟲和衛氏並殖吸蟲，線蟲中的廣州管圓線蟲等較為常見。