瓜子營養豐富，香氣誘人，西瓜子能健胃、利肺、潤腸；葵花子脂肪酸及維生素E含量豐富；南瓜子有驅蟲作用，適當嗑點瓜子，能刺激舌頭上的味覺神經，促進唾液、胃液的分泌，有利消化，有益健康，還能促進面部肌肉的運動。據報道，葵花子有醫療價值，可治瀉痢、膿皰瘡等疾病。
適量吃瓜子好處很多，如瓜子中的亞麻油酸可以保持血壓穩定，降低體內膽固醇等等。但吃太多瓜子容易加重肝臟負擔形成脂肪肝，還會有瓜子牙。科學理論證明，葵瓜子裏面含有的某種油脂，對皮膚/眼睛/大腦都有好處。
對大腦有壹定好處，但多吃也有壞處的：
瓜子除含豐富的蛋白質外，還有油脂，大量食入不僅使熱量大為增加，而且使血脂升高。壹部分血脂可通過糖異生作用轉化為葡萄糖，升高血糖。
嗑瓜子時，唾液會因粘附在瓜子殼上被吐出而損失。唾液過多流失，會導致口腔潰瘍、牙齦炎、齲齒、消化不良等病，而且還使味覺遲鈍，食欲減退。