文昌魚的脊索不同於脊椎動物的脊索，它壹直延伸到頭部，所以文昌魚所屬的亞門被稱為頭索動物門，其中“頭索動物-”在拉丁語中是“與頭部相連”的意思。
在文昌魚中，頭部稱為腦室的神經索部分較粗，但不是大腦。文昌魚的口前端有壹根觸手，作為感覺器官，過濾進入口中的海水。文昌魚有血管系統，但它沒有心臟，它的血液是由壹些血管的脈沖驅動的。
生活習慣
文昌魚是壹種適合溫暖海洋的動物。它的下半身壹半埋在沙子裏，只有前端露在外面，白天半個身子藏在沙礫裏，在陽光的照射下搖曳，依靠水流帶來浮遊生物、矽藻和植物供它食用。這種被動餵食的方法。
說明其水平低，也就是說在進化上低於脊椎動物；只有在晚上它才活躍。這時它離開沙窩，像離弦的箭，彈向水面。壹旦受到幹擾，它會遊回海灘巢穴。文昌魚以螺旋方式遊泳。5-7月是文昌魚的繁殖季節，壹生可繁殖3次，最後壹次產卵最多。壽命約2年8個月。