十二指腸長約25厘米，呈馬蹄形。十二指腸上部與幽門交界處的管腔擴大，稱為球部，是潰瘍的好發部位。中部彎曲，後壁黏膜形成1 ~ 2個乳頭，有膽總管和胰管開口。胰頭以下的部分是十二指腸的下部，向下移動到空腸。
成人的空腸和回腸長約5米，其中空腸約占五分之二，回腸約占五分之三。兩者之間沒有明顯的分界線。壹般來說，空腸的直徑大於回腸，有許多由粘膜和粘膜下層突入腸腔形成的環狀皺襞，壁厚，血管豐富，皺襞表面絨毛的許多微小突起密集而粗大。小腸黏膜的總面積因為絨毛而大大增加，絨毛中含有血管、神經、毛細淋巴管和少量平滑肌，是吸收的重要器官。末端回腸遷移到大腸，在那裏粘膜折疊形成回盲瓣，回盲瓣由兩個唇皺襞組成。瓣膜的兩端與回腸和盲腸的環狀括約肌形成的腸系膜相連，這些環狀肌肉進入上下瓣膜，使回盲瓣具有括約肌的功能，既能阻止大腸內容物回流到小腸，又能控制食糜過快進入大腸，使食物在小腸得到充分消化吸收。