患高致病性禽流感的肉鴨和蛋鴨通常表現出多種臨床癥狀。商品肉鴨和小型蛋鴨的臨床癥狀為突然發病，短時間內出現食欲不振、體溫驟升、高度抑郁、呼吸困難、咳嗽、打噴嚏、流淚、腹瀉等癥狀。後期出現神經癥狀，表現為頸部向後扭曲，病鴨多為急性病死亡，數日內死亡率高達90%。成年肉鴨感染禽流感病毒後可在短時間內發病，流感病上述癥狀明顯，產蛋率在2 ~ 3天內降至零。而病鴨死亡率只有1.0%左右或更低。病鴨可在30天左右完全康復，其產蛋率不能恢復到原來水平，最高只能達到50% ~ 60%，並有大量畸形蛋不能用於孵化。此時的飼養價值已經很低，壹般無法獲得經濟收入，但往往會出現嚴重的虧損。因此，當發現肉雞鴨患禽流感時，應積極向政府有關部門報告，並積極配合政府采取的果斷行動，防止疫情擴散。
病理剖檢顯示，患禽流感的病鴨胸肌和腹部脂肪散在出血，呼吸困難和肺水腫出血，心、肝、腎有出血點，腺胃乳頭腫脹出血，肌胃粘膜下層和十二指腸出血，胰腺、腎臟、脾臟和肝臟有實質性改變和壞死竈。