孫思邈在總結其他醫家經驗的基礎上，對壹些營養缺乏性疾病已有較深刻的認識，並創造性運用了針對病因的特效藥物。例如他認識到癭病(地方性甲狀腺腫)是壹些山區居民因長期飲用品質不好的水而造成的，主張用動物甲狀腺(如鹿靨、羊靨)和海產藥物(如海帶、海白菜)等進行治療，這與今天用碘劑治療地方性甲狀腺腫的方法是完全壹致的。又如，對維生素A缺乏所致的夜盲證(孫氏稱雀目)的癥狀描述已十分詳細，並強調用各種動物肝臟進行治療。現在知道，肝臟中的維生素A含量是極為豐富的，用以治療夜盲證，就是靠補充了患者所缺乏的維生素A而取得療效。另外，《千金方》中還論述了腳氣病的病史，指出經常服用谷皮煎湯所煮的粥，便可防治，這也是以含有豐富B族維生素的物質治療維生素B1缺乏癥的最早記載。當然，對於這些疾病的真正病因及其特效藥物的藥理作用，孫思邈還不可能有清楚而正確的認識，但對於這些事實的認定，必定是在大量實踐活動的基礎上，通過對豐富經驗的全面總結和縝密思考才能完成的，這是我們中華民族可以引以為自豪的重要成就。