1.嬰兒正常生理發育的原因。
此時，寶寶的消化器官發育還不完善，消化液分泌還不充分，酶的功能還不完善，胃腸內的黏膜還很嫩，消化功能還很弱。
2.餵養不當。
如果家長不能正確餵養孩子，什麽都給孩子吃，孩子飲食的質和量不當，損傷了腸胃，引起胃腸功能紊亂，孩子就會出現腹脹、吐奶、便溏、酸臭味、大量未消化的食物殘渣等消化不良(食物損傷)。
3.其他原因。
除了餵養不當，胃腸道炎癥、濫用抗生素、天氣寒冷、身體抵抗力低下、腸胃受涼也會引起消化不良。
嬰兒長期消化不良會造成營養攝入不足，消化不良，吸收不良，影響生長發育。尤其是3歲以下的孩子，這個階段是大腦發育最旺盛的時期，是決定智力水平的關鍵時期。如果不及時改善消化功能，影響營養物質的吸收，勢必影響大腦發育，終身遺憾。