牛肚是牛的胃和消化部分，所以牛肚不清洗會有苦味。
清洗毛肚時，可以從開口處反過來，先用清水沖洗掉雜質和部分胃液，然後在幹凈的盆中加入玉米粉放入牛肚中用力搓，搓掉胃液等雜質，再加鹽或食用堿、醋搓，充分去除胃液，堿鹽可煮脆，最後沖洗幹凈。
清洗前可以將毛肚上的雜質抖掉，鋪在案板上，將毛肚壹層壹層拉伸，然後用冷水反復沖洗，直到沒有草腥味。這時要把肚門圈的“肚邊”切掉，把底板的油皮撕掉，連續搓15分鐘後再洗兩遍。鍋中燒開水，放入洗凈的毛肚中，用清水沖洗幹凈。
吃火鍋的時候，苦澀的湯底也會讓毛肚變得苦澀。火鍋的苦味通常是底料的問題。如果火鍋中香料的比例過大，苦味變大後會使火鍋湯底變苦。如果火鍋底料裏的香料放的太早，煮的時間太長，也會讓火鍋有點苦。
火鍋湯底變苦後，毛肚的味道也會變苦。