栽培食用菌的方法主要有生料栽培、發酵料栽培和熟料栽培。所謂生料栽培，就是將培養料加水攪拌均勻後不再滅菌或發酵而直接接種，然後在適宜環境條件下發菌出菇。目前可以生料栽培的種類只有平菇、草菇和大球蓋菇，其他種類都不能生料栽培。
發酵料栽培是將各種原料拌勻後，按壹定規格要求建堆，堆積發酵，當堆溫達壹定要求後，進行翻堆，壹般要翻3~5次，然後在自然條件下接種，在適宜環境條件下發菌出菇。
凡可生料栽培的種類都可進行發酵料栽培。必須使用這壹方法的都是蘑菇屬的各種，如雙孢蘑菇、大肥菇、巴氏蘑菇（姬松茸），草菇、平菇、雞腿菇等也常應用此法。
熟料栽培是指將培養料裝入壹定大小的容器，常用塑料袋，然後進行常壓或高壓滅菌，將培養料內的生物全部殺死。冷卻後經無菌操作接種，在適宜環境條件下發菌出菇，如香菇、杏鮑菇、金針菇、木耳、銀耳、白靈菇等都是這樣栽培的。