據統計，80% ~ 90%的口臭來自口腔。未處理的齲齒、殘根、殘冠、修復不良、解剖結構異常、牙齦炎、牙周炎、口腔黏膜疾病等都會引起口臭。齲齒和牙周病是最常見的相關疾病。食物殘渣和菌斑常殘留在深齲的洞內和不良修復體的懸突下，細菌發酵分解產生臭味。牙髓壞死或化膿性牙髓炎，不治療，也可發出臭味；牙周病患者常伴有大量牙石和牙菌斑，牙周袋內的細菌發酵產生硫化氫、吲哚和氨，從而產生臭味。另外，牙周膿腫和牙周袋積膿，多為金黃色葡萄球菌合並牙周致病菌感染，也會散發出難聞的氣味。唾液的質量和數量也起著重要的作用。唾液減少，蛋白質等有機成分增加，降低了唾液的沖刷緩沖作用，導致細菌繁殖，唾液、齦溝液、食物殘渣中的有機成分分解，產生大量揮發性硫化物、吲哚等物質，產生口臭。