酸奶生產的基本要求是有足夠的保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌，可以買兩種基礎菌的粉。其他保健細菌，如嗜酸乳桿菌、雙歧桿菌和幹酪乳桿菌的壹些菌株，如果能在人體大腸中定殖，已被證明對健康有益。但如果需要這些菌的好處，前提是發酵後能有足夠的活菌。然而，這些細菌的最適發酵條件不壹定與上述兩種基本細菌的相同。尤其是雙歧桿菌，它們屬於嚴格意義上的厭氧菌，也就是說，它們壹見到氧氣就會死亡。所以普通家庭的酸奶制作過程中很難得到活的雙歧桿菌。所以，對於菌株中的健康菌，沒有必要期望過高。
使用菌粉時，加入凍幹菌種，在溫暖的環境中可以“蘇醒”發揮作用。在使用市售酸奶時，壹定要註意購買最新的冷藏酸奶，因為隨著儲存時間的延長和儲存溫度的升高，活菌數會不斷減少，影響制作酸奶的效果。必須註意的是，那些常溫出售的酸奶不要作為種子，因為活菌數已經嚴重減少，制作酸奶的安全性無法保證。