影響菌群失調的原因很多，主要分為內因和外因:內因:解剖結構、生理功能、免疫狀態都可以引起菌群失調。例如:
(1)胃酸減少時，胃內的細菌增多，小腸內的需氧菌和厭氧菌增多，有害菌就可能乘虛而入，變得活躍起來。
(2)腸道蠕動減慢時，小腸內細菌數量增多，容易形成細菌過度生長綜合征；
(3)膽汁分泌減少時，小腸內細菌也增多；
(4)腸系膜上粘液減少，菌群失去濕潤和調節環境；
(5)解剖改變，如胃腸手術後正常菌群的破壞；
(6)人體免疫力下降，對外界入侵的有害細菌的吞噬能力喪失或降低，防護能力降低；
(7)人體患病後，無論是急性還是慢性，菌群的結構和數量都會被打亂。