紅麻炭疽病（Colletorichum.hibisciPollacci）是危害紅麻的主要病害，屬我國紅麻病害的檢疫對象。在紅麻種質資源中，高抗生理小種1、2號的有71-4、722、湘紅早等；高抗生理小種1號和較抗生理小種2號的有青皮3號、71-57、新安無刺等；只抗1號，不抗2號的有紅麻7號、青皮1號、植保506；不抗病的有塔什幹、阿聯紅麻等。在野生紅麻中發現對紅麻炭疽病呈亞免疫的材料有85-224、85-133。
紅麻枯萎病（Rhizoctoniaspp.）是紅麻生產上經常發生的病害。染病嚴重的有廣西紅皮、猛海紫莖、新紅95、塔什幹、印度11號、雲南紅莖等壹些紅莖的品種；綠莖品種如7804、新安無刺、湘紅1號、72-44、722等，則表現輕度感病或不發病。
紅麻根結線蟲病（Meloidogynespp.）主要分布於長江流域和華南麻區，是為害我國紅麻生產的主要病害，其中南方根結線蟲（M.incogoita）分布最廣，為害性大。我國紅麻品種極大部分為感病類型，但研究發現有些品種對紅麻根結線蟲病表現出壹定的抗性，如J-1-113和85-41。