青蒿有很高的藥用價值。夏末秋初拔出，洗凈曬幹入藥。莖和葉用於清除虛熱，種子和根用於煎藥膏。青蒿素來自中藥黃花蒿，已有2000年歷史。因為它起效快，沒有其他抗瘧藥那樣的副作用，所以抗瘧藥物的效果非常顯著。此外，迄今沒有已知的青蒿素耐藥性病例。該復方可進壹步減少耐藥機會，提高療效。
青蒿水煎液對表皮葡萄球菌、卡氏球菌、炭疽桿菌、白喉桿菌有較強的抑菌作用，對金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、痢疾桿菌、結核桿菌也有壹定的抑制作用。青蒿揮發油在0.25%濃度時對所有皮膚癬菌均有抑菌作用，在1%濃度時對所有皮膚癬菌均有殺菌作用。
青蒿素具有抗流感病毒的作用。青蒿琥酯鈉對金黃色葡萄球菌、福氏誌賀菌、大腸桿菌、卡氏球菌、甲型副傷寒桿菌和乙型副傷寒桿菌有壹定的抗菌作用..黃花蒿中的谷甾醇和豆甾醇也有抗病毒作用。