用瓊脂糖作支持介質。另外，實驗室常用的核酸染色劑是溴化乙錠（EB）。
要註意觀察凝膠時應根據染料不同使用合適的光源和激發波長，如果激發波長不對，條帶則不易觀察，出現條帶模糊的現象。其好處是染色效果好，操作方便，但是穩定性差，具有毒性。
壹般的核酸檢測只需要瓊脂糖凝膠電泳就可以；如果需要分辨率高的電泳，特別是只有幾個bp的差別應該選擇聚丙烯酰胺凝膠電泳；用普通電泳不合適的巨大DNA鏈應該使用脈沖凝膠電泳。
擴展資料
瓊脂糖凝膠具有網絡結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在湧動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決於凈電荷的性質和數量，而且還取決於分子大小，這就大大提高了分辨能力。
但由於其孔徑相比於蛋白質太大，對大多數蛋白質來說其分子篩效應微不足道，現廣泛應用於核酸的研究中。
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