生吃洋蔥時，洋蔥組織沒有受熱，細胞壁較硬，會增加胃的負擔，不利於消化。熟食破壞了細胞壁的結構，在胃裏容易消化，不傷胃。
生洋蔥的氣味對大多數人來說刺激性太大，而熟洋蔥吃起來很甜，刺鼻的氣味幾乎沒有了，讓人更容易接受，增加了可食用性。對於心血管保護、抗衰老、抗癌等益處，無論生吃還是熟吃，都有同樣的功效
生吃洋蔥刺激性強，還會促進消化液的分泌。有胃腸道潰瘍的人不宜生吃，會刺激潰瘍區域，加重病情。生洋蔥的細胞組織較硬，消化系統不好的人最好不要生吃，會導致消化不良和腹脹疼痛。
洋蔥的刺激性氣味太強，生吃時註意不要讓洋蔥汁進入眼睛，會刺激眼睛，導致流淚。不能接受洋蔥氣味的人，不要太勉強使用生洋蔥。生洋蔥和熟洋蔥的好處基本相似。他們不能接受生洋蔥，可以吃熟洋蔥。
洋蔥略生，可以保存更多的營養成分。烹飪時，洋蔥可以稍微生熟，這樣洋蔥的營養價值更能保留。吃洋蔥的時候需要去掉最外面的紫色皮衣，因為味道極其苦澀，影響口感。