(1)換茬輪作，切斷病蟲害的食物來源。對於已經發生嚴重病蟲害的栽培房，不要連續種植同壹品種，防止同樣的病蟲害爆發而難以控制。
(2)選擇抗病性強、生命力強、純度高的菌株。在引進優良菌株時，選擇在適宜的季節溫度下出菇的品種，以消除或減少病蟲害感染的機會，安全順利出菇。
(3)保持種子生產現場環境清潔幹燥。提高菌種產量的重要措施之壹是保持整個養殖場所清潔、幹燥、無菌袋、無積水、排水溝通暢、空氣新鮮、水源充足。這樣空氣中雜菌的指數就低了，接種和產菌時感染的幾率也降低了。
(4)在同壹菇房、同壹品種內同時播種、出菇。采取這種措施便於病蟲害的管理和控制。在保證正常出菇的情況下，適當降低菇房濕度，增加通風量，有助於減少細菌的生存條件。采完蘑菇後，及時清除殘留的蘑菇，切斷根部，清除汙染的菌袋，保持菇房清潔，盡量減少病蟲害的滋生條件。