口腔潰瘍能由很多原因造成，主要是營養物質缺乏（以B族維生素為主）、皰疹病毒復發。其次是牙齒疾病和牙齒咬合不全以及長期偏壹邊嚼食物。比較少見的原因有下頜關節異位或病變、假牙長期使用變形或假牙制作的不合適、口腔扁平疣等。最少見的還有口腔腫瘤等。
造成口腔潰瘍的各種原因中，只有壹個原因是不需要治療的，就是皰疹病毒復發。免疫系統能夠清除皰疹病毒，就像免疫系統能夠清除感冒病毒和其他很多種病毒壹樣。所以皰疹病毒導致的口腔潰瘍屬於自限性疾病，不用治療、吃藥。大多數人在小時候感染上皰疹病毒（有的人出現癥狀，有的人沒有癥狀），壹旦被皰疹病毒感染，體內就會終生攜帶這種病毒，去不掉的。在生其他病或免疫力降低時就會復發。壹般自愈時間和感冒差不多，得需要壹星期左右。
如果口腔潰瘍二星期還沒有自愈，就要去醫院做排查，找到造成口腔潰瘍的病因，然後治療那個疾病，才能使口腔潰瘍痊愈。