納豆起源於中國(也就是壹般老百姓做的“豆沙”)。納豆類似於中國的發酵豆和怪味豆。古書記載:“納豆，我國自秦漢以來就有了。”納豆起源於中國的豆豉。根據《飲食文化與生鮮市場》(石毛之道，101頁)壹書，這兩種納豆都與中國有緣。尤其是鹹納豆，是奈良和平安時期的禪僧傳入日本的。日本曾稱納豆為“黑豆”，平城井出土的木簡中也有“黑豆”二字。和中國現代人吃的豆豉壹樣。豆豉是在寺院的寺院中制作，用壇子或桶儲存，所以日本人稱之為“唐納豆”或“鹹納豆”，在日本是作為營養食品和佐料，而中國人則是用鍋煎或蒸作為佐料。
納豆傳入日本後，根據日本當地的情況進行開發，比如日本用醬油代替豆豉，或者用醬油代替豆豉。而且隨著禪僧從中國傳到日本寺廟，納豆最早是在寺廟裏發展起來的。比如大龍寺的納豆、大德寺的納豆、壹休納豆、大夫寺的濱明納豆、烏鎮寺的灞橋納豆，都成為了當地寺廟的著名特產。
日本人喜歡吃納豆。他們主要吃鹹納豆和刷納豆。關西人喜歡前者，關東人喜歡後者。由於發酵方式不同，拉絲納豆中有壹種黏絲，是無鹽的。