木瓜的品種很多，但沒有具體的數量。常見品種有木瓜、毛木瓜、光皮木瓜、皺皮木瓜、光皮木瓜、宣木瓜等。
番木瓜
木瓜產於中國，開花結果期基本全年，果肉黃色，種子黑色，乳汁能疏松肉粉，營養價值高。
毛葉木瓜
毛木瓜種植於陜西、甘肅、江西、湖北等地區。花期3-5月，果期9-10月。壹般花色都是粉色的。還具有健脾消食、抗疫殺蟲的作用。
光皮木瓜
光皮木瓜壹般指普通的光皮木瓜，在山東、陜西、河南等許多地區都有種植。其花期為4月，果期為9-10月。花的顏色為淡粉色，果實可入藥，有解酒、化痰、順氣等功效。
皺皮木瓜
皺皮木瓜分布於中國和緬甸。其花期為3-5月，果期為9-10月。它的花是淡淡的香味，它的顏色是淡黃色，它的果實是甜的。是壹種極具開發價值的水果。
野木瓜
野生木瓜原產中國，是中國特有的品種。其花期為3-4月，結果期為6-10月。屬於熱帶水果，清香撲鼻，果大皮厚。吃它有美容養顏的功效。
宣木瓜
宣木瓜產於安徽。其花期為3-5月，果期為7-10月。它的皮是綠色的，果肉可以加工成各種食品和飲料。