紅豆杉的藥用價值主要體它的提取物—次生代謝衍生物—紫杉醇。紫杉醇最早是從短葉紅豆杉的樹皮中分離出來的抗腫瘤活性成份。是治療轉移性卵巢癌和乳腺癌的最好藥物之壹，同時對肺癌、食道癌也有顯著療效，對腎炎及細小病毒炎癥有明顯抑制。紅豆杉的根、莖、葉都可以入藥，可以治療尿不暢、消除腫痛，對於：糖尿病、女性月經不調、血量增加都有治療作用。紅豆杉也可以用於產後調理，對女性病癥具有壹定的治療作用。
雖然紅豆杉本身有這麽多的好處，但科學研究表明：紅豆杉毒性很大，服用後，會產生抑制骨髓造血功能、白細胞下降等嚴重毒副作用，表現主要為頭昏、瞳孔放大、惡心、嘔吐、彌散性腹痛、肌無力等，嚴重者出現心動緩慢、心臟驟停或死亡。紅豆杉直接泡酒喝沒有抗癌、防癌功效。因為紅豆杉抗癌、防癌的主要成分是紫杉醇，這是現在很常用的腫瘤化療藥物。而紫杉醇不溶於水。即使用特殊的溶劑萃取，也必須添加壹定的助溶劑。