不能吃生的金針菇，壹定要吃熟的金針菇。誤食未煮熟的金針菇會引起中毒，因為新鮮的金針菇含有秋水仙堿。人食用後，易因氧化產生有毒的秋水仙堿，對胃腸粘膜和呼吸道粘膜有強烈的刺激作用。壹般進食30分鐘至4小時後會出現咽幹、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀；大量食用後，可能會引起健康問題。
其實金針菇是壹種很好的食物，沒有太多禁忌。當然首先要知道的是不要吃太多，因為金針菇性涼，吃多了可能會拉肚子，尤其是寒性體質的人。除了體寒的人，脾胃虛寒、關節炎、紅斑狼瘡的人也不要吃太多金針菇，可能會加重病情。最好壹次只吃20到30克。
金針菇沒有太多禁忌，但是有些食物是不能和金針菇壹起吃的，比如牛奶。吃金針菇如果喝牛奶容易導致心絞痛。金針菇不能和驢肉壹起吃，可能會導致腹痛腹瀉。金針菇不能和蛤蜊壹起吃，營養會被破壞。所以只要註意這些，就可以放心食用金針菇。適量食用對身體有好處。