肉豆蔻能抑制臭味、去腥增香，同時還能增香，因此成為肉類加工中常用的香料。在國外用於粉末，多用於飲料、甜品、冰淇淋、烘焙食品及魚、肉、禽制品中，添加量為0.001%-0.2%。
在中國，多用於動物原料，如鹵制、燒、熏、烤、烤等。肉豆蔻也可用於復合香料，如十三香、咖喱粉等。這種香料味道濃郁，香味持久自然，非常容易使用。
肉豆蔻使用中的註意事項
加工肉豆蔻時，不宜用過高的溫度加熱，以防香味流失。由於果實較密，使用時必須用錘子打碎，再用1:3高度白酒加水浸泡。本身略苦，所以在香料比例上不宜過多。金屬容器不適合儲存。