2、制作工序不同。小麥澱粉是采用發酵法，即將小麥加水浸軟、磨碎後，進行加酸發酵，使包圍在澱粉顆粒周圍的細胞被溶解而澱粉易於分離。而玉米澱粉是將玉米用0.3%亞硫酸浸漬後，通過破碎、過篩、沈澱、幹燥、磨細等工序而制成。
3、用途不同。小麥澱粉主要應用於食品做增稠劑、膠凝劑、黏結劑、或穩定劑等。而玉米澱粉廣泛應用於食品、工業、醫藥等加工制造。另外玉米澱粉也在中國菜和法國菜裏用作增稠劑。