大部分紅肉菠蘿蜜的果肉是橙紅色的，有的紅肉菠蘿蜜是大紅色的，但那是很少見的，有的顏色不明顯；黃菠蘿蜜的果肉是金黃色的，對比兩者就能看出區別。
2.不同的水果類型:
紅肉菠蘿蜜果形橢圓形，圓而飽滿，大小中等；黃色菠蘿蜜的果形更長更大。
3、果實產量不同:
紅肉菠蘿蜜因圓飽滿，果絲少，出果率高，壹般13 kg的出果率高達5-6 kg。黃菠蘿蜜的果絲較多，20斤的果實產量在4-5斤左右。
4.不同的甜度:
紅肉菠蘿蜜果肉橙紅色，肉厚，甜脆，香味濃郁，甜度高達25度；黃菠蘿蜜果肉金黃色，甜度比紅菠蘿蜜淡，果肉甜度只有17度左右。