目前酸奶有瓶、杯、袋、屋形包裝等包裝材料。保質期短則幾天，長則20天。瓷瓶酸奶2-6℃冷藏，保質期3-7天；屋形酸奶用屋形紙盒包裝，0-4℃冷藏，保質期7天。杯裝酸奶2-6℃冷藏，保質期大於10天。袋裝酸奶在2-6℃冷藏，保質期48小時。酸奶飲料可以在常溫下存放在陰涼幹燥的地方，保質期可達8個月。
由於酸奶不含防腐劑，如果儲存條件不好，酸奶中的活乳酸菌會不斷繁殖，生成的乳酸會不斷提高酸度，酸奶的口感會變得過於酸，嚴重時酸奶會變質。所以夏天買酸奶要特別註意酸奶的保存環境。酸奶最好不要長時間放在高溫的地方。